രാജ്യത്തെ പിടിച്ചു കുലുക്കിയ വ്യാജ ഐ എസ് ആർ ഒ ചാരവൃത്തിക്കേസിന് പിന്നിലുള്ള ഉദ്യോസ്ഥരുടെ  ഗൂഢാലോചന കേസിൽ പ്രതികളാരും വെള്ളിയാഴ്ച  കോടതിയിൽ ഹാജരായില്ല. തുടർന്ന് കേസ് ഏപ്രിൽ 25 ന് മാറ്റി. തിരുവനന്തപുരം ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്ട്രേറ്റ് കെ.എം. സുജയാണ് കേസ് പരിഗണിച്ചത്. ഐ എസ് ആർ ഒ ശാസ്ത്രജ്ഞനായ നമ്പിനാരായണനെ വ്യാജ  ചാരക്കേസില്‍ ഉള്‍പ്പെടുത്താന്‍ ഗൂഢാലോചന നടത്തിയെന്ന കേസിൽ മുൻ ഡി ഐ ജി സിബി മാത്യൂസ്, മുൻ ഡി വൈ എസ് പി കെ.കെ.ജോഷ്വ, മുൻ ഐബി ഉദ്യോഗസ്ഥൻആര്‍.ബി.ശ്രീകുമാര്‍, മുൻ സ്പെഷ്യൽ ബ്രാഞ്ച് സി ഐ എസ്.വിജയന്‍, ഐബി ഉദ്യോഗസ്ഥൻ  പി.എസ്.ജയപ്രകാശ് എന്നിവരാണ്  5 പ്രതികൾ. തലസ്ഥാന സിജെഎം കോടതിയിലാണ് സിബിഐ ഡൽഹി യൂണിറ്റ് എസ് പി മുദ്ര വെച്ച കവറിൽ 2024 ജൂൺ 28 ന് കുറ്റപത്രം സമർപ്പിച്ചത്.   ഉന്നത പോലീസുദ്യോഗസ്ഥരടക്കം 18 പേർക്കെതിരെ സിബിഐ കേസെടുത്തിരുന്നു. പ്രോസിക്യൂഷൻ കേസ് ബലപ്പെടുത്താനും പ്രതികൾക്ക് ശിക്ഷ ഉറപ്പാക്കാനുമായി  പ്രതിപ്പട്ടികയിൽ നിന്നും കുറവ് ചെയ്തവരിൽ പലരെയും സി ബി ഐ സാക്ഷിപ്പട്ടികയിൽ  ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.       എഫ് ഐ ആർ തിരുവനന്തപുരം സി ജെ എം കോടതിയിൽ 2021 ൽ ഹാജരാക്കിയിരുന്നു.  ശാസ്ത്രജ്ഞനായ നമ്പിനാരായണനെ ചാരക്കേസില്‍ ഉള്‍പ്പെടുത്താന്‍ ഗൂഢാലോചന നടന്നുവെന്ന് സുപ്രീംകോടതി നിയോഗിച്ച ജസ്റ്റിസ് ജയിൻ  കമ്മിറ്റി കണ്ടെത്തിയതിനെ തുടര്‍ന്നാണ് അന്വേഷണം സിബിഐക്ക് കൈമാറിയത്.
നമ്പി നാരായണനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തത് ഡിഐജി ആയിരുന്ന സിബി മാത്യൂസിന്റെ നിര്‍ദേശപ്രകാരമാണെന്ന് എസ്‌ഐടി അംഗമായിരുന്ന ജോഗേഷ് മൊഴി നല്‍കിയിട്ടുണ്ട്. നമ്പി നാരായണന്‍ ചെയ്ത കുറ്റം സംബന്ധിച്ച് ഒരു തെളിവും തനിക്കു ലഭിച്ചിരുന്നില്ലെന്നും ജോഗേഷ് പറഞ്ഞു. ഐബി ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ നമ്പി നാരായണനെ ചോദ്യം ചെയ്യുമ്പോള്‍ മുറിയില്‍ പ്രവേശിക്കാന്‍ അനുവദിച്ചിരുന്നില്ലെന്നും ജോഗേഷ് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്. നമ്പി നാരായണനെ ചോദ്യം ചെയ്ത് റിപ്പോര്‍ട്ട് എഴുതിയത് ജോഗേഷ് ആണെന്നാണ് കേസ് ഡയറിയില്‍ പറയുന്നത്. എന്നാല്‍ സിബിഐ ചോദ്യം ചെയ്യലില്‍ ജോഗേഷ് ഇതു നിഷേധിച്ചു. നമ്പി നാരായണന്റെ മൊഴി ഒപ്പില്ലാതെ സിബി മാത്യൂസ് ടൈപ്പ് ചെയ്തു നല്‍കിയത് അതേപടി പകര്‍ത്തി എഴുതുകയായിരുന്നുവെന്നും ജോഗേഷ് പറഞ്ഞു. സിബി മാത്യൂസിന്റെ നിര്‍ദേശപ്രകാരം കെ.കെ.ജോഷ്വയാണ് തെറ്റായ കേസ് രേഖകള്‍ തയാറാക്കിയതെന്നും സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറയുന്നുണ്ട്.  
എസ്.വിജയന്‍ എന്ന പൊലീസ് ഉദ്യോഗസ്ഥന്റെ ലൈംഗികതാല്‍പര്യത്തിന് മറിയം റഷീദ എന്ന മാലദ്വീപ് സ്വദേശിനി വഴങ്ങാതിരുന്നതാണ് ഐഎസ്ആര്‍ഒ ചാരക്കേസിന്റെ തുടക്കമെന്ന് സിബിഐ കുറ്റപത്രം. മറിയം റഷീദയെ അനധികൃതമായി അറസ്റ്റ് ചെയ്തെന്നും പിന്നീട് അതു മറയ്ക്കാനായി കളവായ  കാര്യങ്ങള്‍ ചെയ്യുകയായിരുന്നുവെന്നും കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറയുന്നു. സിബി മാത്യൂസ്, കെ.കെ.ജോഷ്വ, ആര്‍.ബി.ശ്രീകുമാര്‍, എസ്.വിജയന്‍, പി.എസ്.ജയപ്രകാശ് എന്നിവര്‍ ഗൂഢാലോചന നടത്തി വ്യാജരേഖകള്‍ തയാറാക്കി, അനധികൃത അറസ്റ്റുകള്‍ നടത്തി, ഇരകളെ പീഡിപ്പിക്കുകയായിരുന്നുവെന്നും സിബിഐ കുറ്റപത്രത്തിൽ പറയുന്നു. മറിയം റഷീദയെ ലൈംഗികമായി പീഡിപ്പിക്കാനും എസ്.വിജയന്‍ ശ്രമിച്ചു.      ഈ നാലു പേരെയും ഇന്ത്യൻ ശിക്ഷാ നിയമത്തിലെ 120-ബി (ക്രിമിനൽ ഗൂഢാലോചന ) 167 (പൊതു സേവകൻ തെറ്റായറെക്കോഡ് തയ്യാറാക്കൽ ),193 (ജുഡീഷ്യൽ നടപടിയിൽ കോടതിയിൽ കള്ള തെളിവ് നൽകൽ), 323 ( മർദ്ദിക്കുക), 330 (വ്യാജ കുറ്റസമ്മതം നടത്താൻ മർദിക്കൽ) , 342 (അന്യായ തടങ്കലിൽ വക്കൽ ), 354 ( മാനഭംഗം) എന്നീ വകുപ്പുകള്‍ പ്രകാരം പ്രോസിക്യൂട്ട് ചെയ്യണമെന്നും സിബിഐ ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്.

കേരള പൊലീസിലെയും ഐബിയിലെയും മുന്‍ ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ ഉള്‍പ്പെടെ 25 പേര്‍ക്കെതിരെയാണ് സിബിഐ എഫ്‌ഐആര്‍ രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തത്.        ഇന്ത്യൻ ശിക്ഷാ നിയമത്തിലെ 120 ബി(ഗൂഡാലോചന) , 167 (പൊതുസേവകൻ തെറ്റായ രേഖ തയ്യാറാക്കുന്നത്) , 218 (ശിക്ഷയിൽ നിന്ന് ആളെ രക്ഷിക്കുന്നതിന് തെറ്റായ റെക്കോർഡ് തയ്യാറാക്കുന്നത്) , 195 (  തടവ് ശിക്ഷാ കുറ്റം സ്ഥാപിക്കുന്നതിന് വേണ്ടി വ്യാജ തെളിവ് നൽകലും നിർമ്മിക്കലും) , 348 ( ഭയപ്പെടുത്തി കുറ്റസമ്മതം വാങ്ങാൻ അന്യായ തടങ്കലിൽ വെക്കൽ)  , 477 A (കണക്കുകളുടെ വ്യാജീകരണം) , 506 (1) ( കുറ്റകരമായ ഭയപ്പെടുത്തൽ)  എന്നീ ജാമ്യമില്ലാ വകുപ്പുകൾ ചുമത്തിയാണ് സി ബി ഐ കേസെടുത്തത്.   ഗൂഢാലോചന നടത്തി നമ്പി നാരായണനെ കള്ളക്കേസിൽ കുടുക്കി അന്യായ തടങ്കലിൽ വച്ച് പീഡിപ്പിച്ചതിനും മറ്റുമായി  18 പോലീസ്    ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ ന്യൂ ഡെൽഹി സിബിഐ കേസെടുത്ത്  എഫ് ഐ ആർ , എഫ് ഐ എസ് തുടങ്ങിയ രേഖകൾ തിരുവനന്തപുരം ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്ട്രേട്ട് കോടതിയിൽ  സിബിഐ സമർപ്പിച്ചു. മുൻ ഡിഐജി സിബി മാത്യൂസ് ,  സ്പെഷ്യൽ ബ്രാഞ്ച് മുൻ സർക്കിൾ ഇൻസ്പെക്ടർ എസ്. വിജയൻ , വഞ്ചിയൂർ എസ്. ഐ തമ്പി. എസ് ദുർഗാ ദത്ത് , സിറ്റി പോലീസ് കമ്മീഷണർ വി. ആർ. രാജീവൻ , ഡിവൈഎസ്പി കെ.കെ. ജോഷ്വ , സ്റ്റേറ്റ് ഇൻ്റലിജൻറ്സ് ബ്യൂറോ ഡെപ്യൂട്ടി ഡയറക്ടർ രവീന്ദ്രൻ , ഇൻറലിജൻ്റ്സ് ബ്യൂറോ ഡെപ്യൂട്ടി ഡയറക്ടർ ആർ.ബി. ശ്രീകുമാർ ,  അസിസ്റ്റൻ്റ് ഡയറക്ടർ സി.ആർ.ആർ.നായർ , ഡി സി ഐ ഒ ജി.എസ്. നായർ , ബി സി ഐ ഒ കെ.വി. തോമസ് , കൊച്ചി ഐബി എ സി ഐ ഒ റ്റി. എസ്. ജയപ്രകാശ് , ക്രൈംബ്രാഞ്ച് നർക്കോട്ടിക് സെൽ എസ്.പി. ജി. ബാബുരാജ് , ജോയിൻ്റ് ഡയറക്ടർ മാത്യു ജോൺ , ഡി സി ഐ ഒ ജോൺ പുന്നൻ , ബേബി , സ്പെഷ്യൽ ബ്രാഞ്ച് എ റ്റി ഐ ഒ ഡിൻ്റ മത്യാസ് , സ്റ്റേറ്റ് ഇൻറലിജൻ്റ്സ് ബ്യൂറോ വി. കെ. മായിനി , സിബിസിഐഡി  എസ് ഐ എസ്. ജോഗേഷ്  എന്നിവരെ പ്രതിചേർത്താണ് സിബിഐ കേസെടുത്തത്. കള്ളക്കേസെടുത്ത് പീഡിപ്പിക്കുന്ന പോലീസുദ്യോസ്ഥർക്കുള്ള ഗുണപാഠവും മുന്നറിയിപ്പുമാണ് സുപ്രീം കോടതി നിർദ്ദേശപ്രകാരം സി ബി ഐ രജിസ്റ്റർ ചെയ്ത കേസ്.                  ഐസ് ആർ ഒ ശാസ്ത്രജ്ഞൻ നമ്പി നാരായണനെ ചാരവൃത്തിയാരോപിച്ച് കള്ളക്കേസിൽ കുടുക്കി അറസ്റ്റ് ചെയ്ത് പീഡിപ്പിച്ച പോലീസുദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ നടപടിയെടുക്കാൻ   സുപ്രീം കോടതി 2018 സെപ്റ്റംബർ 14 ന് ഉത്തരവിട്ടിരുന്നു. സംസ്ഥാന  സർക്കാർ അരക്കോടി രൂപ നഷ്ടപരിഹാരം നൽകാനും കോടതി ഉത്തരവിട്ടു. ഗൂഢാലോചന നടത്തിയ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ ഉചിതമായ നടപടി നിർദേശിക്കാൻ സുപ്രീം കോടതി ജഡ്ജി ജസ്റ്റിസ് ഡി.കെ. ജയിൻ അധ്യക്ഷനായ മൂന്നംഗ സമിതിയെയും സുപ്രീം കോടതി നിയോഗിച്ചു. ജസ്റ്റിസ് ജയിൻ കമ്മിറ്റിയുടെ അന്വേഷണ റിപ്പോർട്ട് പരിശോധിച്ച സുപ്രീം കോടതി 2021 ഏപ്രിൽ 15 ന് വ്യാജ ചാരക്കേസിൽ ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ പങ്കിനെക്കുറിച്ച്  തുടന്വേഷണം നടത്താൻ ഉത്തരവിട്ടു. സുപ്രീം കോടതി ഉത്തരവ് പ്രകാരമാണ് സിബിഐ പ്രാഥമിക അന്വേഷണം നടത്തി എഫ് ഐ ആർ ഇട്ടത്. ജസ്റ്റിസ് ജയിൻ കമ്മിറ്റി റിപ്പോർട്ട് ഞെട്ടലുളവാക്കുന്നതെന്ന് നിരീക്ഷിച്ച  കോടതി സിബിഐ  അന്വേഷണത്തിനുത്തരവിട്ടു. നഷ്ടപരിഹാരമല്ല തന്നെ കള്ളക്കേസിൽ കുടുക്കിയവർക്കെതിരെ ക്രിമിനൽ പ്രോസിക്യൂഷൻ നടത്തി ശിക്ഷിക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് നമ്പി നാരായണൻ സമർപ്പിച്ച ഹർജിയിൽ 24 വർഷം നീണ്ട നിയമയുദ്ധത്തിലാണ് സുപ്രീ കോടതി വിധി 2018 ൽ വന്നത്.       നമ്പി നാരായണന് നഷ്ടമായത് അന്തസും സ്വാതന്ത്ര്യവുമെന്ന് സുപ്രീം കോടതി വിധിന്യായത്തിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. അദ്ദേഹം നേരിട്ടത് കടുത്ത പീഡനമെന്നും കോടതി വിലയിരുത്തി.  ദേശീയ പ്രശസ്തിയുള്ള , വിജയിച്ച ശാസ്ത്രജ്ഞനായ അദ്ദേഹത്തിന് കടുത്ത പീഡനങ്ങളിലൂടെയാണ് കടന്നു പോകേണ്ടി വന്നത്. ആരെയും അറസ്റ്റ് ചെയ്ത് കസ്റ്റഡിയിൽ വെക്കാമെന്ന പോലീസിൻ്റെ മനോഭാവമാണ് അദ്ദേഹത്തിന് ഇത്രയും വേദനയുണ്ടാക്കിയതെന്നും സുപ്രീം കോടതി വിധിന്യായത്തിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.               1994 നവംബർ 30 നാണ് നമ്പി നാരായണനെ ചാരക്കേസിൽ പോലീസ് അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്.     ഭൂതകാല മഹത്വമെല്ലാമുണ്ടായിട്ടും ചാരക്കേസിൽ അറസ്റ്റിലായതോടെ നമ്പി നാരായണന് സമൂഹത്തിൽ നിന്ന് വെറുപ്പ് നേരിടേണ്ടി വന്നുവെന്ന് സുപ്രീം കോടതി നിരീക്ഷിച്ചു. അന്തസോടെ ജീവിക്കാനുള്ള  അവകാശത്തിൻ്റെ അവിഭാജ്യ ഘടകമാണ് വ്യക്തിയുടെ പ്രശസ്തി. എന്നാൽ ചാരക്കേസിൽ അറസ്റ്റിലായതോടെ മനുഷ്യാവകാശത്തിൻ്റെ അടിസ്ഥാന ഘടകങ്ങളായ അന്തസും സ്വാതന്ത്രവും അദ്ദേഹത്തിന് നഷ്ടമായി. കസ്റ്റഡി പീഢനമെന്നത് ദേഹോപദ്രവം മാത്രമല്ല ഭരണഘടനയിലോ ശിക്ഷാ നിയമത്തിലോ പീഡനം (ടോർച്ചർ) എന്ന പദത്തിന് നിർവ്വചനം പറയുന്നില്ല. എന്നാൽ ദുർബലന് മേൽ പേശീബലമുള്ളവൻ അടിച്ചേൽപ്പിക്കുന്ന യാതനകളാണ് പീഡനമെന്ന് മറ്റൊരു കേസിൽ സുപ്രീം കോടതി നിയമ വ്യാഖ്യാനം നടത്തിയിട്ടുണ്ട്. പ്രതിയെ കസ്റ്റഡിയിലെടുത്ത് വിചാരണ നടത്തിയ ശേഷം കുറ്റക്കാരനാണെന്ന് കണ്ടെത്തി വെറുതെ വിട്ട കേസല്ല ഇത്. അതീവ ഗൗരവമുള്ള വിഷയത്തിൽ നമ്പി നാരായണൻ ഉൾപ്പെടെ ചിലരെ അറസ്റ്റ് ചെയ്ത ശേഷം കേസ് സിബിഐക്ക് കൈമാറുകയാണ് പോലീസ് ചെയ്തത്. മനോരോഗത്തിന് ചികിത്സ നേരിടേണ്ടി വരുന്നത് ഒരു വ്യക്തിയുടെ അന്തസ്സിനാണ് ആഘാതമേൽപ്പിക്കുന്നത്. അന്യായ പ്രവൃത്തി കൊണ്ട് ആത്മാഭിമാനം ക്രൂശിക്കപ്പെടുമ്പോഴാണ് ഒരാൾ നീതിക്ക് വേണ്ടി നിലവിളിക്കുന്നത്. അയാൾക്ക് നഷ്ടപരിഹാരം അനുവദിക്കപ്പെടേണ്ടതും അപ്പോഴാണ്. നമ്പി നാരായണൻ കസ്റ്റഡിയിൽ നേരിട്ട പീഡനങ്ങളെക്കുറിച്ച് സി ബി ഐ യുടെ കേസ് അവസാനിപ്പിച്ചു കൊണ്ടുള്ള റിപ്പോർട്ടിൽ പറയുന്നത് സുപ്രീം കോടതി വിധിയിൽ എടുത്തു പറഞ്ഞു.               പോലീസിനും സംസ്ഥാന സർക്കാരിനുമെതിരെ രൂക്ഷ പരാമർശങ്ങളടങ്ങുന്നതാണ് ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ദീപക് മിശ്ര ,  ജസ്റ്റിസുമായ എ. എം. ഖാൻ വിൽക്കർ , ഡി. വൈ. ചന്ദ്രചൂഡ് എന്നിവരുൾപ്പെട്ട ബെഞ്ചിൻ്റെ വിധിന്യായം. നമ്പി നാരായണനെതിരായ കേസ് തെറ്റാണെന്നും വ്യാജമാണെന്നും കുറ്റക്കാരായ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ നടപടി വേണമെന്നുമുള്ള സി ബി ഐ റിപ്പോർട്ട് സംസ്ഥാന സർക്കാർ തള്ളിയിരുന്നു. സംസ്ഥാനത്തിൻ്റെ ഉത്തരവ് റദ്ദാക്കിയിട്ടുപോലും ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ ഒരു നടപടിയും സർക്കാർ സ്വീകരിച്ചില്ലെന്ന് വിധിയിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നുണ്ട്. കസ്റ്റഡിയിൽ പീഢനമുണ്ടായിട്ടില്ലെന്ന വാദം കോടതി തള്ളി. ശാരീരിക വേദനയുണ്ടാക്കുന്നത് മാത്രമല്ലപീഢനം. നമ്പി നാരായണൻ അനുഭവിച്ച തീവ്ര പീഡനങ്ങൾ സി ബി ഐ റിപ്പോർട്ടിൽ വ്യക്തമാണ്. കേരള പോലീസിൻ്റെ മുഴുവൻ നടപടികളും പകപോക്കലായിരുന്നു. അന്വേഷണം സിബിഐക്ക് കൈമാറിയിരുന്നതിനാൽ അവരാണ് കുറ്റക്കാരെന്ന സംസ്ഥാന സർക്കാരിൻ്റെ വാദം കോടതി തള്ളി.               പോലീസിലെ അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ നടപടി വേണമെന്ന കേരള ഹൈക്കോടതി സിംഗിൾ ബെഞ്ചിൻ്റെ ഉത്തരവ് റദ്ദാക്കിയ ഡിവിഷൻ ബെഞ്ചിൻ്റെ വിധിക്കെതിരെയാണ് നമ്പി നാരായണൻ സുപ്രീം കോടതിയെ സമീപിച്ചത്.       2018 ഒക്ടോബർ 10 ന് നമ്പി നാരായണന് സംസ്ഥാന സർക്കാർ ഖജനാവിൽ നിന്ന് നൽകിയ നഷ്ട പരിഹാര തുകയായ 50 ലക്ഷം രൂപ  സിബി മാത്യൂസ് , കെ.കെ.ജോഷ്വ , എസ്.വിജയൻ ,പുനരന്വേഷണത്തിന് വിജ്ഞാപനമിറക്കിയ ഉദ്യോഗസ്ഥർ ' തുടങ്ങിയവരുടെ സ്ഥാവരജംഗമ സ്വത്തുക്കളിൽ നിന്ന് ഈടാക്കിയെടുക്കാൻ 2019 മെയ് 5 ന് സംസ്ഥാന നിയമ സെക്രട്ടറി ഉത്തരവിട്ടു. "